SCI et location mixte habitation/professionnel : comment ventiler proprement
Un même bien loué pour partie à l'habitation et pour partie à un usage professionnel obéit à deux régimes distincts. Tout l'enjeu tient dans un chiffre : le pourcentage professionnel qui va servir à tout ventiler. Le cabinet d'ostéo au rez-de-chaussée avec l'appartement à l'étage, le local commercial surmonté d'un logement, la maison dont deux pièces font office de bureau. À chaque fois, la même question revient sur mon bureau : « comment je répartis les loyers, les charges et la TVA entre les deux ? ». Répondez à la louche, et vous fragilisez votre déduction de TVA, vos charges et votre position le jour d'un contrôle. Répondez proprement, avec une clé documentée, et tout s'aligne. Ce guide vous donne cette méthode : les clés de ventilation, le régime des revenus, l'option TVA sur la seule partie pro, le coefficient de déduction et le cas de l'IS.
Rédigé par Quentin Hagnéré, fondateur de sci-ai.app, et vérifié contre les sources officielles (CGI, BOFiP, loi du 6 juillet 1989). Mis à jour le 21 juillet 2026. Cet article est informatif et ne remplace pas un conseil personnalisé.
Sommaire
- Location mixte : de quoi parle-t-on exactement ?
- Bail mixte ou deux baux séparés ?
- Ventiler les surfaces et les loyers : les clés
- Le régime des revenus (IR et IS)
- TVA : option sur la seule partie professionnelle
- Le coefficient de déduction de la TVA
- Amortissement et charges : la ventilation à l'IS
- Taxe foncière et CFE
- Cas chiffré complet
- Les pièges à éviter
- FAQ
1. Location mixte : de quoi parle-t-on exactement ?
Location mixte : un même local, ou un même immeuble, qui sert en partie de logement et en partie de lieu d'activité. Dans la pratique, trois configurations reviennent en boucle.
- L'immeuble vertical : commerce ou cabinet au rez-de-chaussée, logement à l'étage. Chaque niveau a un usage propre, parfois des locataires différents.
- Le bail mixte unique : un professionnel libéral (médecin, avocat, architecte) loue un même ensemble où il habite et exerce, sa résidence principale accueillant son activité.
- Le logement avec pièce professionnelle : un locataire consacre une ou deux pièces de son habitation à une activité (bureau, cabinet de consultation à domicile).
Peu importe la configuration, le problème est le même : deux régimes cohabitent sur un seul bien. Côté habitation, on est dans le bail d'habitation et l'exonération de TVA. Côté professionnel, on bascule sur le bail professionnel (ou commercial) et la possibilité d'opter à la TVA. Tant que la ligne de partage entre les deux n'est pas tracée, vous ne pouvez traiter correctement ni les loyers, ni les charges, ni la TVA.
C'est ce qui rend le mixte particulier. Un bail commercial pur ne pose pas cette question, un bail nu d'habitation non plus : dans les deux cas, un seul régime s'applique du sol au plafond. Le mixte, lui, vous oblige à couper le bien en deux et à faire vivre les deux moitiés côte à côte. D'où ce guide.
2. Bail mixte ou deux baux séparés ?
Avant même de parler fiscalité, il y a un choix qui conditionne tout le reste : signez-vous un seul bail mixte, ou deux baux distincts ? Ce n'est pas une question de forme. Elle décide du régime juridique applicable et de la facilité avec laquelle vous piloterez la fiscalité derrière.
Le bail mixte unique (loi du 6 juillet 1989)
Lorsque les locaux constituent la résidence principale du locataire et qu'il y exerce aussi son activité, le contrat est un bail à usage mixte régi par la loi du 6 juillet 1989. Son article 2 vise expressément les locaux à usage d'habitation ou à usage mixte professionnel et d'habitation. Conséquence : c'est le régime protecteur du bail d'habitation qui s'applique à l'ensemble (durée minimale de six ans lorsque le bailleur est une SCI personne morale, contre trois ans seulement si la SCI est familiale — art. 10 et 13 de la loi de 1989 —, encadrement du congé, dépôt de garantie plafonné à un mois de loyer hors charges).
C'est le montage du libéral qui vit et travaille sous le même toit. Simple à mettre en place. Mais attention à l'effet de bord : il « aspire » toute la relation dans le régime de l'habitation, y compris la pièce où le locataire reçoit ses patients ou ses clients. Vous héritez de la durée longue, de l'encadrement du congé et du plafond de dépôt de garantie, sur l'intégralité du bail.
Deux baux séparés
Quand les surfaces sont nettement distinctes, voire louées à des occupants différents, il est souvent préférable de conclure deux baux :
- un bail d'habitation (loi de 1989) pour le logement ;
- un bail professionnel (art. 57 A de la loi du 23 décembre 1986) pour un usage libéral, ou un bail commercial pour une activité commerciale.
Deux baux, c'est la clarté fiscale. Chaque loyer a sa ligne, la TVA du pro est isolée sur son propre contrat, la refacturation des charges est cadrée bail par bail. Franchement, dès qu'il y a un vrai enjeu fiscal derrière — une option TVA, une taxe foncière à refacturer au praticien —, c'est ce que je conseille. On perd cinq minutes à rédiger deux contrats au lieu d'un, on en gagne des heures le jour où il faut justifier quoi que ce soit.
Vigilance sur la qualification : ce n'est pas l'intitulé du bail qui compte, mais l'usage réel des locaux. Un local où s'exerce une activité commerciale avec clientèle et fonds de commerce peut relever du statut des baux commerciaux même si le contrat dit « professionnel ». Faites rédiger ou relire le bail selon l'usage effectif.
3. Ventiler les surfaces et les loyers : les clés
On arrive au cœur du sujet. Toute la fiscalité de la location mixte tient sur un seul nombre : le pourcentage professionnel. Une fois qu'il est fixé, il se déverse sur les charges mixtes et sur la TVA déductible. Fixez-le bien, et le reste s'enchaîne. Fixez-le mal, et vous traînez l'erreur sur chaque poste, année après année. Trois clés permettent de le calculer, de la plus solide à la plus fragile.
| Clé de ventilation | Principe | Solidité |
|---|---|---|
| Surface affectée (m²) | Surface pro / surface totale, mesurée au métré | Élevée |
| Valeur locative | Loyer de marché de chaque partie | Moyenne |
| Forfait documenté | Pourcentage raisonnable justifié à défaut de mesure | Faible |
La clé des surfaces : la référence
La clé la plus robuste est la surface réellement affectée à chaque usage, exprimée en m². On calcule :
% professionnel = surface professionnelle / surface totale
Exemple : 40 m² de cabinet sur 120 m² de surface totale → 33,3 % professionnel, 66,7 % habitation.
Ce pourcentage, appuyez-le sur du concret : un plan coté ou un métré annexé au bail. C'est la toute première pièce qu'un vérificateur vous demandera. Restent les surfaces communes — entrée, cage d'escalier, chaufferie. Deux options : vous les répartissez au prorata des surfaces privatives, ou vous les rattachez à l'usage dominant quand l'affectation ne fait aucun doute (un escalier qui ne dessert que l'appartement de l'étage part côté habitation, point).
La clé de la valeur locative
Parfois la surface ment. Un local commercial en pied d'immeuble se loue bien plus cher au m² qu'un appartement au troisième étage : ventiler à la surface reviendrait à sous-évaluer la part pro. Dans ce cas, on bascule sur la valeur locative de marché de chaque partie. C'est admis, mais c'est plus attaquable — un vérificateur vous demandera sur quoi vous vous fondez. Alors gardez sous le coude des références de loyers comparables du quartier.
La règle d'or : une clé unique et stable
Peu importe la clé choisie, une seule règle compte vraiment : la même partout, et la même dans le temps. Le même 33,3 % sur les charges mixtes et sur la TVA déductible. Et ce 33,3 % l'an prochain, et l'année d'après. Attention en revanche : les loyers ne se ventilent pas par la clé de surface. Ils résultent des baux réels — un local pro en rez-de-chaussée se loue plus cher au m² qu'un logement à l'étage —, si bien que la répartition des loyers reflète les valeurs locatives et non le pourcentage de surface (voir le cas chiffré plus bas). Une clé qui saute de 30 à 45 % entre deux exercices sur les charges, ou qui n'est pas la même sur la ligne charge et sur la ligne TVA, c'est exactement le genre d'incohérence qui déclenche un contrôle. La régularité, ici, vaut mieux que la finesse.
4. Le régime des revenus (IR et IS)
SCI à l'IR : tout est revenu foncier (en location nue)
Voici le point que presque tout le monde se représente de travers. À l'IR, la partie pro louée nue ne relève pas des BIC ni d'un régime commercial : elle génère des revenus fonciers, au même titre que l'appartement du dessus. L'article 14 du CGI couvre la location nue de tout immeuble bâti sans regarder ce que le locataire en fait. Autrement dit, au stade de la déclaration de résultat, il n'y a rien à séparer : la SCI verse tous les loyers nus dans sa déclaration 2072, et chaque associé récupère sa quote-part en 2044 puis en 2042.
À quoi sert la ventilation, alors, si elle ne sépare pas les revenus ? À deux choses, et deux seulement : la TVA et la refacturation des charges. Pour le reste, les charges déductibles des revenus fonciers — entretien, réparation, amélioration, intérêts d'emprunt, taxe foncière — s'imputent sur l'ensemble du bien au titre de l'article 31 du CGI, sans découpage habitation/pro.
Le vrai risque à l'IR : le meublé. Si la partie professionnelle est louée meublée ou équipée, cette fraction relève des BIC et devient une recette commerciale. Au-delà de 10 % des recettes totales de la SCI (tolérance BOI-IS-CHAMP-10-30-10, appréciée sur 4 ans), la SCI bascule à l'IS de plein droit au titre de l'article 206-2 du CGI. En location nue pure, aucun basculement.
SCI à l'IS : un produit d'exploitation unique
À l'IS, la frontière habitation/pro s'efface encore plus vite. Tous les loyers tombent dans le même bac : des produits d'exploitation, imposés au taux de l'IS (15 % jusqu'à 42 500 € de bénéfice sous conditions, 25 % au-delà). La ventilation ne disparaît pas pour autant — elle reste indispensable pour la TVA et la refacturation. Simplement, elle ne touche pas à la nature du produit.
5. TVA : option sur la seule partie professionnelle
C'est ici que la ventilation prend toute sa dimension.
Le principe : exonération de l'habitation, option pour le professionnel
- La location nue à usage d'habitation est exonérée de TVA, sans option possible (art. 261 D CGI).
- La location nue de locaux professionnels est en principe exonérée, mais peut être soumise à la TVA sur option de l'article 260-2° du CGI.
Et c'est là qu'il faut être précis sur le mécanisme : l'option se formule immeuble par immeuble et couvre tous les locaux professionnels de l'immeuble concerné — ce n'est pas un choix « local par local » à la carte. Mais les locaux à usage d'habitation sont exclus de plein droit du champ de cette option : ils ne peuvent jamais être taxés. Le résultat pratique, sur un bien mixte, revient donc à ce que vous cherchez : l'option ne porte que sur la fraction professionnelle et l'habitation reste exonérée — non par une sélection local par local, mais par exclusion légale. C'est le montage gagnant du mixte : la SCI loue son cabinet à un praticien assujetti, elle opte, le locataire récupère la TVA de son côté, la SCI déduit la sienne sur les travaux — et le logement, lui, reste hors du champ de la TVA. Personne n'y perd.
Effets et durée de l'option
- L'option couvre l'immeuble pour lequel elle est exercée (et l'ensemble de ses locaux non exclus du champ) ; elle prend effet le premier jour du mois de sa formulation.
- Elle est irrévocable jusqu'au 31 décembre de la 8e année suivant celle de son exercice, puis dénonçable à compter de la 9e année civile. Réfléchissez avant d'opter : l'option facilite la déduction mais oblige à facturer la TVA sur les loyers professionnels.
- L'option n'a d'intérêt que si le locataire est lui-même assujetti et peut récupérer la TVA. Face à un locataire non assujetti (profession exonérée), la TVA sur les loyers devient un coût sec.
Pour approfondir le mécanisme d'option et ses conditions, consultez notre guide dédié à la TVA en SCI et celui sur la déclaration de TVA.
6. Le coefficient de déduction de la TVA
Le mot fait peur, la logique est simple. Dès que vous optez sur la seule partie pro, votre SCI a un pied dans chaque camp : une activité taxée (le cabinet) et une activité exonérée (le logement). On parle d'assujetti partiel. Conséquence directe : la TVA que vous payez sur vos dépenses ne se déduit plus d'un bloc. Elle passe par un filtre, le coefficient de déduction des articles 205 et 206 de l'annexe II au CGI.
Le coefficient de déduction est le produit de trois coefficients :
| Coefficient | Ce qu'il mesure |
|---|---|
| Assujettissement | Part de la dépense utilisée pour des opérations dans le champ de la TVA |
| Taxation | Part utilisée pour des opérations effectivement taxées (le professionnel opté, pas l'habitation exonérée) |
| Admission | Application des exclusions et restrictions légales du droit à déduction |
En pratique, pour une SCI mixte ayant opté sur le seul professionnel :
- Dépense affectée exclusivement au professionnel (travaux du cabinet, honoraires liés au local pro) : TVA déductible à 100 %.
- Dépense affectée exclusivement à l'habitation (travaux du logement) : TVA non déductible.
- Dépense mixte touchant l'ensemble du bien (réfection de toiture, ravalement de façade, honoraires de gestion, assurance de l'immeuble) : TVA déductible au prorata de la clé de ventilation (le coefficient de taxation reprend le pourcentage professionnel).
Concrètement : si votre bien est professionnel à 33,3 % et que vous refaites la toiture pour 20 000 € HT (soit 4 000 € de TVA à 20 %), vous récupérez 33,3 % de cette TVA, soit environ 1 333 €. La règle des surfaces qui semblait théorique devient un euro de trésorerie récupéré ou perdu.
Une régularisation de la TVA initialement déduite peut être exigée si le coefficient évolue significativement dans les années suivant l'acquisition ou les travaux (délai de régularisation de 20 ans pour les immeubles). D'où l'importance d'une clé stable.
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7. Amortissement et charges : la ventilation à l'IS
Amortissement : la ventilation d'usage n'entre pas en jeu
Voici l'erreur que je vois passer le plus souvent : croire qu'à l'IS on n'amortit que la part pro. Faux. La ventilation habitation/pro n'a aucune incidence sur le droit à amortir. L'immeuble s'amortit en entier, par composants (art. 15 bis de l'annexe II au CGI), tout simplement parce qu'il est inscrit à l'actif d'une société à l'IS. L'amortissement suit la comptabilité, pas ce que fait le locataire de ses murs. Vous amortissez donc le gros œuvre, la toiture, les façades, les agencements sur la totalité du bien — après avoir sorti la valeur du terrain, elle non amortissable.
La ventilation par usage ne joue pas ici, mais la ventilation par composants reste obligatoire à l'IS (gros œuvre, toiture, étanchéité, installations techniques, agencements), avec des durées différentes pour chaque composant. C'est un sujet distinct de la ventilation d'usage, souvent confondu.
À l'IR : pas d'amortissement, mais des charges à ventiler pour la TVA
À l'IR, la location nue n'ouvre aucun droit à amortissement — le résultat foncier ne connaît que les charges déductibles de l'article 31 du CGI. La ventilation d'usage sert alors uniquement à la TVA (pour la fraction du bien ayant opté) et à la refacturation des charges au locataire professionnel.
Charges : trois catégories
- Charges directement affectées au professionnel : rattachées à 100 % à cet usage (et TVA déductible si option).
- Charges directement affectées à l'habitation : rattachées à 100 % à cet usage (TVA non déductible).
- Charges mixtes : réparties selon la clé de ventilation. C'est le poste qui exige le plus de rigueur — appliquez le même pourcentage que pour la TVA.
8. Taxe foncière et CFE
Taxe foncière
La taxe foncière est due par la SCI propriétaire sur l'ensemble du bien, sans distinction d'usage. La question n'est pas de la ventiler pour la payer, mais pour la refacturer :
- En bail d'habitation (loi de 1989), la taxe foncière reste à la charge du bailleur et ne peut pas être refacturée au locataire (hors taxe d'enlèvement des ordures ménagères, récupérable).
- En bail professionnel ou commercial, la taxe foncière peut être mise contractuellement à la charge du preneur.
La clé de ventilation sert alors à déterminer la quote-part de taxe foncière refacturable au locataire professionnel. Pour approfondir, voir notre guide sur la taxe foncière en SCI.
CFE (Cotisation Foncière des Entreprises)
La CFE frappe celui qui exerce une activité professionnelle dans les locaux. En location mixte, c'est donc en principe le locataire professionnel qui est redevable de la CFE au titre de la fraction qu'il occupe et exploite. Mais attention à un point souvent mal compris : la location nue de locaux professionnels est elle-même réputée exercée à titre professionnel et entre dans le champ de la CFE (art. 1447 II CGI) dès lors que les recettes brutes de cette location dépassent 100 000 € par an. Au-delà de ce seuil, la SCI bailleresse peut donc être personnellement redevable de la CFE sur son activité de location nue professionnelle, indépendamment de tout meublé ou para-hôtellerie. Seule la location nue à usage d'habitation reste hors champ sans condition de seuil. Pour les petits immeubles de ce guide, le seuil de 100 000 € ne joue pas, mais gardez-le en tête sur des ensembles plus importants. Détails dans notre guide CFE et SCI.
9. Cas chiffré complet
Assez de théorie, prenons des chiffres. Une SCI à l'IR détient un immeuble de 120 m². Au rez-de-chaussée, un cabinet d'ostéopathe de 40 m², loué nu à un praticien assujetti à la TVA. À l'étage, un appartement de 80 m², loué nu en habitation. La SCI a opté à la TVA pour le seul cabinet. Déroulons.
Clé de ventilation : 40 / 120 = 33,3 % professionnel, 66,7 % habitation.
| Poste | Habitation (66,7 %) | Professionnel (33,3 %) |
|---|---|---|
| Loyer annuel | 9 600 € (exonéré TVA) | 7 200 € HT + 1 440 € TVA |
| Régime des revenus | Revenus fonciers (2072) | Revenus fonciers (2072) |
| Toiture refaite (20 000 € HT, TVA 4 000 €) | TVA non récupérable | TVA récupérable : 1 333 € |
| Taxe foncière (2 000 €) | À la charge du bailleur | 666 € refacturables au praticien |
| TVA collectée sur loyer pro | — | 1 440 € à reverser (déclaration CA) |
Ce que révèle ce cas : le loyer foncier total (16 800 €) se déclare intégralement en 2072 sans séparer les usages, puisque tout est de la location nue. Mais la TVA suit la clé : la SCI collecte 20 % sur le seul loyer pro et récupère 33,3 % de la TVA sur les travaux mixtes. Sans une ventilation documentée, ces 1 333 € de TVA sur la toiture ne pourraient pas être justifiés en cas de contrôle.
10. Les pièges à éviter
Piège 1 : ne pas documenter la clé de ventilation
Une clé « de tête » sans plan ni métré ne tient pas face à un vérificateur. Annexez au bail un plan coté ou un descriptif de surfaces, et conservez-le avec vos justificatifs comptables. C'est la première pièce demandée en cas de contrôle TVA.
Piège 2 : changer de clé d'une année à l'autre
Une ventilation qui passe de 30 % à 45 % sans changement matériel du bien est un signal d'alerte. Retenez une clé unique, appliquée à l'identique aux charges mixtes et à la TVA déductible, et ne la modifiez que si l'affectation réelle change (documentez alors le changement).
Piège 3 : opter à la TVA face à un locataire non assujetti
L'option TVA n'a d'intérêt que si le locataire professionnel récupère la TVA. Face à un locataire exonéré (certaines professions médicales, associations), la TVA facturée devient un surcoût de 20 % sans contrepartie. Vérifiez le statut du preneur avant d'opter.
Piège 4 : confondre ventilation d'usage et ventilation par composants
Ce sont deux exercices distincts. La ventilation d'usage (habitation/pro) sert à la TVA et à la refacturation. La ventilation par composants (gros œuvre, toiture, agencements) sert à l'amortissement à l'IS. Les mélanger conduit à des erreurs de liasse.
Piège 5 : louer la partie pro en meublé sans mesurer le risque IS
Équiper le cabinet ou le bureau et le louer meublé transforme une recette civile en recette commerciale. Au-delà de 10 % des recettes totales, la SCI bascule à l'IS de plein droit (art. 206-2 CGI). Si vous voulez rester à l'IR, tenez-vous-en à la location nue sur les deux parties.
Piège 6 : oublier la déclaration de TVA après option
Opter à la TVA impose de déposer des déclarations (CA3 ou CA12 selon le régime) et de reverser la TVA collectée sur les loyers pro. Une option formulée puis oubliée expose à des rappels. Voir notre guide déclaration de TVA en SCI.
11. FAQ — Location mixte en SCI
Faut-il un bail unique ou deux baux séparés ?
Les deux sont possibles. Un bail mixte unique, régi par la loi du 6 juillet 1989 quand les locaux sont la résidence principale du locataire, est simple mais soumet l'ensemble au régime de l'habitation. Deux baux séparés (habitation + professionnel ou commercial) offrent une bien meilleure lisibilité fiscale et sont recommandés dès que la ventilation a un enjeu (option TVA, refacturation de charges).
Comment fixer le pourcentage professionnel ?
La clé la plus solide est la surface affectée en m² : surface professionnelle divisée par surface totale, documentée par un plan coté ou un métré. À défaut, la valeur locative de chaque partie est admise. Retenez une clé unique, appliquée de la même façon aux charges mixtes et à la TVA déductible, et stable dans le temps ; les loyers, eux, résultent des baux réels.
Peut-on opter à la TVA sur la seule partie professionnelle ?
Oui. L'habitation nue est exonérée sans option possible, tandis que le professionnel nu peut être soumis à la TVA sur option de l'article 260-2° du CGI, formulée immeuble par immeuble et couvrant tous les locaux professionnels ; les locaux d'habitation sont exclus de plein droit du champ de l'option. En pratique, vous conservez donc l'exonération sur le logement et ne taxez que le cabinet ou le bureau. L'option n'a d'intérêt que si le locataire professionnel est assujetti et récupère la TVA.
Comment récupérer la TVA sur des travaux touchant tout l'immeuble ?
Sur une dépense mixte (toiture, façade, honoraires de l'ensemble), la TVA se récupère au prorata de la clé de ventilation via le coefficient de déduction (art. 205 à 206 de l'annexe II au CGI). Un bien professionnel à 33,3 % permet de récupérer un tiers de la TVA sur les travaux communs. La TVA des dépenses affectées à la seule habitation n'est pas récupérable.
La location mixte change-t-elle la déclaration à l'IR ?
Non, tant que tout est loué nu. La partie professionnelle nue génère des revenus fonciers comme l'habitation ; la SCI agrège l'ensemble dans sa déclaration 2072, sans séparer les usages. La ventilation sert à la TVA et à la refacturation, pas au calcul du résultat foncier. Le seul cas qui change tout est la location meublée de la partie pro.
Amortit-on différemment la partie professionnelle à l'IS ?
Non. À l'IS, l'immeuble entier s'amortit par composants (art. 15 bis de l'annexe II au CGI) quel que soit l'usage du locataire : l'amortissement suit la comptabilité, pas la ventilation d'usage. Celle-ci compte pour la TVA et les taxes locales, mais reste sans effet sur le droit à amortir. Ne confondez pas ventilation d'usage et ventilation par composants.
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